胃や大腸内視鏡検査などから採られた生検組織は、いくつかの工程を経てガラス標本上にのせられます。病理医は顕微鏡を使って観察して、悪性か良性を含めた病名を特定し、悪性であれば悪性度がどの程度あるかを診断します。診断に用いた臓器では病気の診断に加えて、その病気の進行の程度を確認、病期分類を行います。さらに、病理診断に用いた検体から免疫染色法や分子生物学的手法を用いて薬物治療の効果を予測するコンパニオン診断を行っております。

組織診断はホルマリンに固定し標本を作製し、通常2～4日を要します。術中迅速診断では組織を凍らすことにより標本を作製し、20分程度で診断します。これにより、手術中に癌細胞の悪性度を知り、切除する臓器の範囲や郭清するリンパ節の範囲の決定に役立てております。

細胞診断は、婦人科検診や胸水、腹水、尿中の浮遊細胞や皮膚の外側から乳腺や甲状腺などの組織を注射針で穿刺、吸引して採られた細胞を顕微鏡を使って観察します。そのため出血も痛みもまったくないか、あってもわずかです。これを資格を有する専門の臨床検査技師（細胞検査士）がまず異常な細胞があるかないかスクリーニングし、異常細胞があれば、細胞診専門医が診断します。

治療を尽くしたにも関わらず不幸にして患者様が亡くなられた際に、臨床医が病理解剖をお薦めすることがあります。病理解剖は遺族の御承諾のもとに行われ、生前患者様の病気の診断が難しかった場合の診断確定や予想した経過より早くお亡くなりになった場合などに死因を明らかにすることを目的とします。
患者様の解剖で得られた貴重なデータは、医療従事者の研鑽、教育のために生かされ、日本剖検輯報に登録されるとともに大切に保管され、医学の発展に寄与することとなります。